希运所倡立的禅宗新学主旨是无心，即“无心说”。对此，希运曾这样解释：“无心者，无一切心也。如如之体，内如木石，不动不摇；外如虚空，不塞不碍。无方所，无相貌，无得失。”又说：“但能无心，便是究竟”。因此，他称自己的禅法是教外别传心法。希运继承了马祖道一“即心即佛”的思想，力倡“心即是佛”之说。“性即是心，心即是佛，佛即是法”，表明了希运心佛一如的思想。他从这一思想出发，主张“心即是法，法即是心”、“以心印心，心心不异”，后世故有“心心相印”一说。 

　　希运不主张读佛经，而主张读“公案”(即禅祖行止记述及语录)；不主张苦苦修行，而注重顿悟。他接引信徒的方式单刀直入，机锋峻烈，常以手启或警句使人悟省。凡是向希运问法的人，入门之前必遭当头一棒，能对棒击领悟者，方纳为弟子。义玄曾三度向希运求问禅义，三度被希运当头棒打，只得离开黄檗。经大愚禅师指点，义玄得省悟，又重返黄檗，终得师从希运。后来义玄在临济院接引僧徒，也袭用希运“当头一棒”的接引法，同时伴之一声大喝，后世故又有“当头棒喝”之语。 

　　唐会昌二年(842)，希运应观察使裴休之邀到洪州隆兴寺宣讲禅法， 旦夕问道。从学者逾千人。大中二年(848)，裴休移镇宛陵，又迎希运至开元寺，常去参问，并录其所说辑成册，题名《黄檗希运禅师传心法要》，广为印行。这本书被后世临济宗僧徒奉为必读公案。希运另有《语录》、《宛陵录》各一卷传世。

　　希运认为自己的禅学思想是前无古人、后无来者的。他在圆寂弥留之际留言说：“前后之际，前际无去，今际无往，后际无来”，唐宣宗李忱闻其言甚为称赏，于是谥与“断际禅师”法号，尊其为空前绝后的高僧。