黄龙寺地处江西修水县的西北陲的黄龙山下，与湖南湖北接壤。黄龙山山顶有个叫“一脚踏三省”的地方，是江西、湖南、湖北三省的交界点。地处“鸡鸣三省”的地方，可见多么偏僻，然而黄龙寺却让这里名扬天下。
黄龙山崖刻_传为黄庭坚手书 黄龙山灵源崖刻_传为黄庭坚手书
虽然黄龙寺是临济宗黄龙派的祖庭，但黄龙寺却不是因为黄龙派而出名的。它的出名是早于慧南禅师入主黄龙寺创建黄龙派之前百余年的事了。是什么事让黄龙寺出名的呢？这件事现在说出来真是可笑，是一则超慧禅师收服道祖吕洞宾为侍客童子的神话故事而让黄龙寺声名鹊起的。现代的人对这个荒诞不经的理由一定会哑然失笑，但在一千多年前没准确实是争取信众的好方法呢。故事是这样的：
话说吕洞宾游历四方。一天到得修水黄龙山，但见该山气势磅礴，紫云成盖。知有异人。便登及山顶，但见黄龙寺香烟缭绕，栋宇非凡。黄龙寺创建人超慧祖师正给弟子传经授法。于是吕洞宾潜入法堂。仅片刻，猛听一声断喝：“座旁有窃法者！”吕洞宾只得上前揖见祖师道：“晚辈贸然入堂，多有得罪，望大师息怒。敢问‘一粒粟中藏世界，半升铛内煮山川’法术怎样？”祖师怒道：“你这守尸鬼，怎如此无礼？你只煮得铛内的，却煮不得铛外的。偷法应遭我打，所盗之法，自然化为乌有。”说完即向吕洞宾出拳，虽离二丈多远，洞宾仍觉身上隐隐作痛，即对祖师大叫：“你且等着！”便怒奔而去。
超慧祖师知吕洞宾当晚必来，却只端坐禅床，双手合什，闭目念经。晚二更许，突然两道寒光破窗而入，原来是吕洞宾飞来的二剑。祖师凝神静坐不动，默念神咒，等剑近前，将拂尘一扬，断喝一声“落！”双剑竟由原窗射出，直落寺左观音井中。
吕洞宾见宝剑被收下，知道超慧祖师高超。便到寺内求见祖师，再三施礼请罪，请求还剑。超慧祖师说：“你须在寺内做三年侍客僧。还剑之事，三年后再说吧。”于是吕洞宾只得在黄龙寺干侍客杂务等事。三年到期，超慧祖师命其取一剑归山，一剑留寺镇山门。
可当吕洞宾去观音井取宝剑，却怎么也取不出来。超慧祖师见状便说：“以背取之。”吕洞宾如其所言，以背向井，左手拇指和食指紧扣住井上石亭柱子，右手反转紧握剑柄，脚踏井沿，运足其气，猛然用力，终于抽出了宝剑。据说如今观音井的石柱上留有一眼，那便是吕洞宾的指痕。由于收伏了吕洞宾，黄龙寺便名声响遍全国。
观音井——佛道斗法处
吕洞宾留在石柱上的指印 和尚沐浴池
这个故事不知出于何人之手，或许就出于超慧自己也未可知。因为超慧禅师可不是不识字的和尚，而是进士出身，官至凤翔太守，擢福建节度使不受而遁入空门的。他自然应该知道妖言可以惑众，惑众可以提高知名度的道理。这就是舆论的力量！要不怎么所有的宗教都含有超自然法力的内容呢？归根到底就是要信众迷信崇拜。
黄龙寺到唐末五代逐渐衰落，直到宋英宗治平二年，洪州太守程公孟敦请来临济名僧慧南入主创立黄龙宗后，黄龙寺才又重振声名。
慧南俗姓章，江西玉山县人。法号慧南。据说他“童龄深沉，有大人相，不茹荤，不嬉戏。”十一岁出家，十九岁受具足戒。先入云门宗，后拜临济宗，师从石霜楚圆大师。来黄龙寺后便一直住持黄龙寺直至圆寂。
慧南禅师不是一开始就投师楚圆门下的，而是由云门宗转向临济宗的。这实在是机缘巧合，因为慧南禅师开始并不是慕名而去投拜楚圆大师的，而是为试探楚圆大师道行的深浅才去的，结果不想被楚圆大师高深法力所慑服，并投入其门下为徒，转而成为临济宗的门人，既而又成为临济宗黄龙派的宗祖。
慧南被楚圆大师慑服的公案很精彩。公案是这样记录的：一晚，慧南禅师去楚圆大师住处问道（实为去试探深浅），楚圆大师道：“公学云门禅，必善其旨。如云放洞三顿棒，是有吃棒分、无吃棒分？”慧南禅师回答：“有吃棒分。”楚圆大师一听，便板起面孔，说道：“从朝至暮，鹊噪鸦鸣，皆应吃棒。”慧南禅师当即瞠目结舌，连连后退。楚圆大师道：“吾始疑不堪汝师，今可矣！”
说完，楚圆大师便端坐不动，慧南禅师于是焚香作礼。
慧南禅师礼毕，楚圆大师又问“脱汝会云门意旨，则赵州尝言‘台山婆子，被我堪破。’且那（哪）里是他勘破婆子处？”慧南禅师被问得无言以对，汗如雨下。
第二天，慧南禅师又入室请益。
才隔一夜，楚圆大师象变了一个人似的，一见慧南禅师，便指着他的鼻子，诟骂不已。慧南禅师大惑不解，说道：“骂岂慈悲法施邪？”楚圆大师道：“你作骂会那！”
慧南禅师一听，顿时大悟。
后慧南禅师作颂，呈给楚圆大师，颂曰：
杰出丛林是赵州（指临济宗），
老婆勘破有来由。
而今四海清如镜，
行人莫与路为仇。”
慈明禅师一看，知道慧南禅师这次真正彻悟了，便点头印可。
慧南禅师虽是因骂顿悟，但他在接引别人时却不怒不骂，只问三个问题，这就是有名的“黄龙三关”。
第一问：“人人尽有生缘，上座生缘在何处？”正当问答交锋，慧南却又伸手问：“我手何似佛手？”最后又垂脚问：“我脚何似驴脚？”公案说慧南：“三十余年，示此三问，学者莫有契其旨。”而且如果有人问自己答得对否，慧南却从不置可否。（原文是：“脱有酬者，师未尝可否。”）然而，慧南禅师虽不置可否，却能看出你有无道性。
关于“三关”，慧南禅师自作颂曰：
生缘有语人皆识，水母何曾离得虾？
但见日头东畔上，谁能更吃赵州茶。
我手佛手兼举，禅人直下荐取。
不动干戈道出，当处超佛越祖。
我脚驴脚并行，步步踏著无生。
会得云收日卷，方知此道纵横。
总颂曰：
生缘断处伸驴脚，驴脚伸时佛手开。
为报五湖参学者，三关一一透将来。
慧南禅师设三关接人，但是他对学人的酬答从来不置可否，惟敛目危坐而已，人皆莫测其意。后来有人问其意，慧南禅师便道：“已过关者，掉臂径去，安知有关吏？从吏问可否，此未透关者也。”就是说：明了的，不用问我，径直走了。而问我对否的，都是未悟道的。既然未悟，则答也无用。慧南的三关设问也开创了后代“看话禅”的先河。黄龙三关看似简单，却是步步为营，层层深入，启发心智，驱雾除迷。慧南禅师也因此赢得了“三关陷虎，坐断十方”的美名。
然而，慧南禅师一定不会料到，他为之倾注了全部心血的黄龙寺会在历史长河中厄运连连。尤其是北伐到文革这几十年期间，连遭摧毁。1927年，一位国民党军官一把火烧了三座大佛堂和三尊大佛；1939年黄龙寺被日军飞机投弹炸中，雄伟的大雄宝殿毁于一旦；1958年最后一尊三人高的金身南海观音被掀倒；1968年高大宽敞、镶刻了精美木雕的观音佛堂被拆毁，一口千金铜钟被当作废铜卖了，南禅院长达十米的全本《西游记》故事精妙木雕斧砍火焚；1994年，仅存的西方丈被废为牛栏。
黄龙寺是五座祖庭中最为凄凉的，寺院遭到毁灭不说，还至今没有任何重建的迹象，而黄檗寺、栖隐寺虽也遭到毁灭，但起码开始重建了，而黄龙寺却没有这样的迹象。而今的黄龙寺原址，空空荡荡，一片荒草。昔日精致秀美的南禅院只剩得残垣断壁。安放慧南禅师和他的两代主要传人祖心和死心灵骨的灵塔原有三座，被称为“三塔矶”，原塔早已不见踪影。现有的是新做的，而且只有塔亭而没有灵塔。有人介绍说慧南禅师的灵骨已安葬于地下。而我却不信这样的说法，我认为慧南禅师他们三人的灵骨肯定是被人抛骨扬灰了。这实在是令人心寒而切齿的孽行！要知道他们只是三个先人，是三个与世无争与人无害的先人的骸骨，凭什么要这样对待他们！难道连先人的骸骨也容不得吗？中国佛教在历史上曾遭 “三武灭佛” ①的法难，但“三武”法难相对于文革，那真是小巫见大巫了，恐怕十个“三武”法难之总和也不及文革法难。
呜呼哀哉！
①“三武灭佛”，指的是北魏太武帝灭佛、北周武帝灭佛、唐武宗灭佛这三次事件的合称。这些皇帝的谥号或庙号都带有个武字，所以称为“三武灭佛”。若加上后周世宗时的灭佛，则合称为“三武一宗灭佛”。
慧南禅师塔亭 慧南禅师塔亭内部图，
据说慧南的灵骨葬在图下端的石头下面。
黄龙古刹之南禅院大门 黄龙古刹之南禅院
黄龙古刹原址 利用黄龙古刹砖料建造的学校
观音堂正殿 观音堂大殿
