壹、密宗传承史略
一、印度密教的渊源
(一)杂部密教的产生
早在佛纪一千多年前的吠陀时代，由读诵真言咒语来祈福禳灾，已流行于印度民间各阶层。佛教在印度长期发展过程中，逐渐渗入民间信仰，进而摄取其咒术密法，产生了真言咒语的使用。
初期的「真言咒语」，与佛教经典中所说的教理并无直接关係，只作为守护、消灾、治毒，所杂说的片断咒语，向来被称为「杂部密教」，简称为「杂密」。如《杂阿含经》所说，被凶恶毒蛇咬伤时，所持念的明咒，即属此。
到了佛陀入灭后三百年间，上座部所隶属的犊子部，除经、律、论三藏外，诸多真言密咒亦被结集，彙编成为「明咒藏」。其后，在南传《巴利藏》中，有说护身等偈颂的经典，名为《防护藏》，至今仍盛行于锡兰、缅甸等南传佛教国家。到了四世纪左右，出现了专说咒法的独立经典《孔雀明王经》，认为口念真言，内心统一，建立方圆之土坛供养诸尊，严修仪轨，即可产生不可思议的功德。
(二)纯正密教的完成
所谓「纯密」，乃指结合佛教的教义和理论，如唯识、中观、般若、性空等思想，以真言密咒为中心，而成为独树一帜的「密宗」。
七世纪时，印度大乘佛教的晚期，也是全盛时期，大乘佛教的中观、瑜伽思想体系已臻完成，密教亦随之结合大乘佛教的精粹，以真言、陀罗尼为中心，成为系统化、独立化的一个宗派。《大日经》和《金刚顶经》出现于这个时期，成为密宗的主要二部经典。教主是大日如来(法身毘卢遮那佛)，与显教有所不同，也有其独立性。
《大日经》是密教「胎藏界」的根据经典，旨在表现众生本来具有的如来清净理性；但由大悲哺育，犹如胎儿怀在母胎内，莲花之种子蕴含在花中，因此譬喻为「胎藏」－－具有摄持、含藏、本觉、理、因、化地等诸义，故名「胎藏界」。
《金刚顶经》则是「金刚界」的根据经典，旨在表现如来内证的智德，其体坚固，不为一切外物所损坏，俱有智、果、始觉、自证等诸义，故名「金刚界」。「金」、「胎」相对，二者合为密教根本两部，于一心法界上，立「理平等」、「智差别」二门，是纯正密宗最初成立时所依据的经典。
(三)时轮教的广佈
正纯密教于八世纪初已发展到了极点，并集大乘教理的精粹，以真言曼荼罗为中心，加以组织之后，完成了密宗的体系。到了八世纪后半叶，逐渐分化，并且更加的通俗化，最终促成融入印度性力派等教说的左道密教的产生。
因陀罗部底王是把密教大众化、通俗化的金刚乘之祖。之后，又转化为「时轮教」，将大众化的金刚乘再加以体系化。此派以「乐空不二」的无上瑜伽密法为中心，强调《金刚顶经》中的大乐说。由莲华生传到西藏，成为西藏佛教的主流。到了阿底峡、宗喀巴时期，加以组织净化，成为精神昇华的表徵，一直延续至今。
二、中国密宗的传承
中国佛教在三国时代，已有咒经的传译。据传，此时竺律炎和支谦二人已译出《摩登伽经》、《华积陀罗尼神咒经》、《无量门微密持经》、《七佛神咒经》、《八吉祥神咒经》、《密迹金刚力士》等不少经咒，皆为简易的咒法。至东晋四、五世纪间，有帛尸梨密多罗译的《孔雀王神咒》等经，及各种灌顶神咒的《佛说灌顶经》，此为密教经咒传入中国之始。但仍限于消灾祈福，或以咒术的灵验事蹟来引起群众稀奇的想望为目的。
善无畏、金刚智二纯密大师于唐开元年间(八世纪初)先后来到中国长安，译出《大日经》、《金刚顶经》，建立灌顶道场，密宗才逐渐有系统组织的传播开来，进而成为中国佛教八大宗派之一。后于西元九世纪左右，由空海、最澄传到日本，发展为「东密」、「台密」，一直流传弘扬至今。以下就中国所传的密宗祖师简介如下：
1.龙树 龙树，又名龙勐或龙胜，为南印度婆罗门种姓，印度大乘佛教中观派的创始人。其着论甚多，有「千部论主」的美称，在中国佛教史上被尊称为八宗之祖。
据传，毘卢遮那佛，以金刚界、胎藏界两部的灌顶法，传授给上首金刚萨埵，又使受持并结集两部大经各十万颂，藏在南天竺的铁塔中，待人弘传。佛陀入灭七百年后，经龙树施咒于七粒白芥子，而得以开启铁塔之门，亲礼金刚萨埵，受金刚界、胎藏界两部大法(有说《大日经》传于铁塔，由文殊菩萨所传授)，因此成为密宗的开祖。
中国最早提到龙树为密宗开祖的是《大唐西域求法高僧传.道琳传》，唐代义净于西元六九一年所作。
2.龙智 龙智，梵名Nagabodhi，南印度人，在空海大师撰的《祕密漫荼罗教付法传》里称他为「普贤阿闍黎」。
据传，龙树把两部密法传给龙智，令其广为弘传，龙智因此成为密宗祖师传人。西元八○九年，日本空海大师在中国长安遇到般若三藏、牟尼室利三藏及南印度的婆罗门，听说龙智仍在南印度传授密法，因此传说龙智活了七、八百年。八世纪初，善无畏也在那烂陀寺从龙智受密法。
另据西藏的传说，龙智出生于现在的东孟加拉国，婆罗门族，因为家贫，受到龙树的济助，后来依止龙树出家，三年内通达三藏教法。龙树示寂后，龙智也隐居于吉祥山。
3.善无畏 善无畏(西元六三七－七三五年)，梵名Subhakara-simha，出生于东印度乌荼国，也就是现在的Orissa，刹帝利种姓。为释尊的叔父甘露饭王的后裔。十三岁登王位，施行仁政，深得军民爱戴，后因诸兄嫉妒其能而引起内乱。善无畏勇勐镇暴，曾被流箭所伤，但仍大赦其兄，并让出王位。因感悟世间无常，乃毅然出家学道。
退位后，善无畏到印度南方海滨参学，修「法华三昧」，并游历诸国，修行禅观。之后又到中印度摩竭陀国那烂陀寺，礼昙无德Dharmaguptaka(又译为达摩鞠多，有说即是龙智)为师，专研三藏教理及密教奥义，得受密法灌顶，被尊为「三藏阿闍黎」。
唐玄宗开元四年(西元七一六年)，善无畏以八十高龄抵达中国长安，玄宗礼之为国师，奉诏住兴福寺南塔院，后移西明寺。翌年，奉诏于菩提寺译经，译出《虚空藏菩萨能满诸愿最胜心陀罗尼求闻持法》一卷。此后，致力于翻译密教经典，为密教传至中国的先河，与后来的金刚智、不空，併称为「开元三大士」，共同奠定中国密教的基础。
密教的根本经典《大日经》，又名《大毘卢遮那成佛神变加持经》，共七卷，由善无畏口译，一行记录而成。其后又由一行编纂，加以注释，撰成《大日经疏》二十卷。此外，尚译有《苏婆呼童子经》、《苏悉地羯囉经》各三卷。
善无畏于开元二十年上表奏请返回印度，但未得准许。开元二十三年十一月七日示寂，世寿九十九，法腊八十，葬于龙门西山广纪寺。付法弟子有宝思、一行、玄超、义林、智严、喜无畏、不可思议(新罗僧)、道慈(日僧)等。
自唐武宗废佛后，密宗在中国也随之衰微，只有善无畏所传的「胎藏部密法」，由不空传惠果，再传日本空海，和金刚智所传的「金刚部密法」相并传习，直到今日仍流传于日本。
4.金刚智 金刚智(西元六七一－七四一年)，梵名Vajrabodhi，是中印度国王伊舍那靺摩(Isana-varma)的第三王子(另说为南印度婆罗门出身)。十岁能背诵婆罗门的经典，后来在中印度的那烂陀寺出家，随寂静智学习《声明论》，十五岁到西印度留学，回到那烂陀寺后，于二十岁受具足戒。此后，修学大乘律学，研读《般若灯论》、《百论》及《十二门论》等，以大乘空观思想为主的论着。二十八岁，就胜贤论师学习《瑜伽论》、《唯识论》及《辨中边论》，研究大乘有宗思想三年。三十一岁，到南印度就龙智修学密教，研究《金刚顶瑜伽经》、《大日总持陀罗尼经》等密教经典，并得受金刚界的密法灌顶。
金刚智学成密法之时，正值南印度久旱不雨，国王为此迎请金刚智到宫中求雨。果然不到数日，天降大雨。王欢喜踊跃，金刚智因而受到至高供养，及诸大臣、百姓的崇拜。从此，开始了他云游四方，化导众生的弘法事业。
金刚智听说中国佛教正盛行，因此发愿到中国弘扬密教，乃取海路到中国，并携带《大般若经》和其他各种佛典，以及印度的七宝器具和许多名贵香料珍品。途中多次被暴民所袭，同行的商船皆受到迫害，独有金刚智所乘的船舶得免其难。经三年时间，路经锡兰、苏门答腊，于开元七年(西元七一九年)抵达广州，建立密宗灌顶道场，开始弘扬密教。
开元八年，金刚智来到洛阳、长安，面谒玄宗，成为大唐国师，得以积极从事密教经典的翻译，并传授密法。译有《金刚顶经》、《瑜伽念诵法》、《观自在瑜伽法》等八部十一卷。所到之处，必建金刚界大曼荼罗灌顶道场，有时奉敕为国祈雨，或为妃嫔、公主加持除病等。
开元二十九年，金刚智奏请返回印度，经玄宗准许后，便动身返乡，到了洛阳广福寺，却因病而示寂。世寿七十一，法腊五十一，葬于龙门。其付法弟子有不空、一行、慧超、义福、圆照等人。
金刚智经由海路，善无畏经由陆路，分别携带了「金刚部」和「胎藏部」二经的灌顶传授密法来到中国，因此，同为开中国两部密法的始祖，并奠定了中国密宗的基础。
5.不空 不空(西元七○五－七七四年)，梵名Amoghavajra，又称「不空金刚」，南印度狮子国人，即今之锡兰国(一说是北印度婆罗门族)。自幼随叔父经商，来到中国，十五岁遇金刚智，依止为师，并剃度出家。二十岁时，于洛阳广福寺受具足戒。
不空自幼聪明博学，通达多种语言，常随侍在金刚智身边，担任翻译工作。不空就金刚智学习《声明论》，本应以十二年时间才学习完成的经论，仅费时六个月就通达了。据传，为了得到纯正密教的奥义，三年之中，曾数次向金刚智请求口授都被拒绝。因此，不空决心到印度求法，刚出发到长安东方的新丰，金刚智梦见长安的佛菩萨皆向东行，乃知不空实为法器，遂唤回不空，把所有的密教奥旨都传授给他。
开元二十九年，金刚智示寂，不空遵奉遗命到南印度广求密教经典，经广州、诃陵而到达锡兰，从普贤阿闍黎(一说龙智阿闍黎)处受十八会金刚顶瑜伽法门、毘卢遮那大悲胎藏、五部灌顶、真言秘典及诸经论之梵本五百馀部。
天宝五年(西元七四六年)，不空回到中国，为玄宗灌顶，又逢久旱不雨，皇帝请他作法求雨，不数日间，天降大雨。皇帝大喜，亲赐紫袈裟，并赐号「智藏」。
乾元元年(西元七五八年)，不空向肃宗皇帝上表，请求搜集所有梵文经典，加以修补及翻译、弘扬，受到朝廷的大力支持，得以将过去玄奘、义净、善无畏、菩提流支、宝胜等人所携带回来的梵箧经论，在大兴善寺集中起来，广译各种显密教典，同时传授灌顶仪轨。不空(亦有说是义净)与鸠摩罗什、真谛、玄奘等，并称为四大翻译家。
不空在晚年令弟子含光于五台山造金阁寺、玉华寺，由此，五台山成为密教的重镇，一直流传到清末。
大曆九年六月中，不空示寂，世寿七十，僧腊五十。代宗皇帝追赠「司空」，諡号「大辩正广智不空三藏和上」。付法弟子有含光、惠超、惠果、惠朗、元皎、觉超等六人，称为「六哲」。其中惠果被尊为真言付法第七祖。
善无畏和金刚智二人首将纯正密宗传到中国，并奠定基础，而后将密宗圆成，继往开来，并发扬光大者，当属不空。玄宗、肃宗、代宗三代皇帝及德宗太子，都受其灌顶，并礼为帝师。当时密宗得以顺利的发展，应归功于当代朝廷的大力支持。
6.一行 一行(西元六八三－七二七年)，又称一行阿闍黎。俗姓张，唐代钜鹿(河北钜鹿)人，出身显宦世家，为唐初功臣张公谨的后裔。自幼天资聪颖，过目不忘，有神童之称。
一行不但是中国密宗祖师之一，也是一位出色的天文曆学家，精通曆象、阴阳、五行等世学。初就荆州景禅师出家，后来在嵩山听闻普寂禅师弘法，大为感动，乃随禅师学禅，并从当阳真纂律师习律。曾採集律部及诸经论中之精要，编撰成《摄调伏藏》十卷。尝师事金刚智、善无畏学习密法，得金、胎两部密法之传授。又奉唐玄宗诏，进宫协助善无畏译出密教根本圣典《大毘卢遮那成佛神变加持经》，即《大日经》，受金刚智祕密灌顶。
开元九年，玄宗命其订正传统曆法颁行天下。开元十五年，完成《大衍曆》五十二卷，至今仍受日本所採用。又与梁令瓒共同发明黄道游仪，用来重新测定一百五十馀颗恒星位置，并算出相当于子午线纬度的长度。其后又制出浑天仪。
开元十五年，一行因长年积劳成疾而示寂，时年四十五岁，玄宗赐諡为「大慧禅师」，并为其制碑文，亲书于石。
一行的佛教着作除《摄调伏藏》外，尚有关于密教的着作，如《大日经疏》二十卷，为密宗教理的代表着作。另有《药师琉璃光如来消灾除难念诵仪轨》、《大毘卢遮那佛眼修行仪轨》、《曼殊室利焰曼德迦万爱术如意法》、《宿曜仪轨》等各一卷，并与弟子慧觉共撰《华严经海印道场忏仪》四十二卷。
7.惠果 惠果(西元七四六－八○五年)，唐代长安人，俗姓马。世称青龙阿闍黎，密教付法第七祖。九岁时，随不空的弟子昙真研习诸经，后来受到不空赏识器重，成为其传法弟子。
大曆元年(西元七六六年)，惠果满二十岁，在慈恩寺受具足戒后，依止不空受金刚界密法，之后又从善无畏的弟子玄超受胎藏及苏悉地诸法，并融会二法，建立「金胎不二」的思想。又将此金、胎不二的理念传法给空海，再由空海带回到日本；另由新罗僧惠日、悟真等，传入新罗。
建中元年(西元七八○年)，诃陵国(Kalinga)的僧侣辨弘，原本发愿到南印度寻求大悲胎藏曼荼罗法，途中遇到一位奇人，问他要到那儿去，辨弘即为之表明心愿。奇人答道：「大悲胎藏曼荼罗法已被不空三藏请去，今在中国流传。其弟子惠果正在青龙寺传授此法。」说完之后，消失不见，辨弘即刻改变行程到中国，成为惠果的弟子。
惠果常被请入宫中，为帝、后宫妃嫔、文武百官等修法，并继不空法席，为青龙寺东塔院灌顶国师，故又称青龙和尚。历任代宗、德宗、顺宗三朝国师，倍受崇敬。其付法弟子遍及海内外，但是只有日本空海得到全部的密法传承。惠果成了中国密宗最后的祖师，同时也是日本真言宗的高祖。世寿六十，僧腊四十。碑文由空海奉敕撰写。
三、日本佛教密宗的传承
从中国流传到日本的密宗，由弘法大师空海所传，以东寺及高野山金刚峰寺为根本道场的称为「东密」；由传教大师最澄结合天台宗思想所创立，以比叡山为总本山的称为「台密」。
所谓密教传灯之入唐八大家，有天台宗的最澄、慈觉、智证及真言宗的空海、常晓、圆行、宗叡、惠运等。然而，唯有弘法大师空海的法流最为广佈盛行。
最澄虽然比空海更早得到中国密法的传承，并在日本始开灌顶修密传法，但因其以天台宗为本，因此日本佛教史皆以空海为日本密宗的开祖。
兹就真言宗开祖空海和台密初祖最澄的事蹟简介如下：
1.东密始祖－－空海
空海(西元七七四－八三五年)，出生于赞岐国善通寺町(京都附近)，俗姓佐伯直。自幼学习日本及中国的经书、史书等。十五岁时，到京都学习儒学，后来转入大学明经科，逐渐接触佛教，十八岁发表《三教指归》，评判儒、释、道三教。在大学不到两年，空海决定辍学，一心修习佛法。
延曆十二年(西元七九三年)，空海依止和泉槙尾山寺的勤操和尚出家，取名教海，后改名如空，专研三论及大小乘教法。延曆十四年，在东大寺受具足戒，改名空海。翌年，曾于梦中感得《大日经》，然未能解悟。
延曆二十三年，空海和最澄同时出发到中国，途中遇到大风侵袭，经过三个多月才到达福建。传说，当空海一行人抵赤岸城时，未准许上陆，不得已转到福建，还是不准登岸，最澄及其随行人员因语言不通，束手无策。在濒临绝望之际，空海说：「可否允我寄一张呈文试试？」于是执笔疾书，大意是说：「久仰大唐文化，我们渡海求学，天朝大国俯允登陆……。」由于文字优美通畅，心意诚恳，感动地方官，立即飞报洛阳，特许登陆，并待以上宾之礼。
到了中国，空海北上遍访长安博学之士，并向般若三藏、牟尼室利三藏及不空三藏的弟子昙真学习梵文。最后于青龙寺遇到惠果大师，承续密宗法脉，受传法阿闍黎灌顶，成为日本真言宗开祖。惠果示寂后，碑文即由空海执笔写成。碑文的大意是：「弟子为求佛法，来到大唐国，遥望故乡，在东海之东。论其路程，于今思之，实困难中之困难，时须冒生命之危险。海路行船，波涛汹涌；陆路之山，云山万重。于今身临大唐，能晤恩师，可惜未足一年。余得真言密教密法，感激万幸。朝思暮想，实是恩师之导引。以上这些不可思议之法缘，牵引我、导引我，感恩万分。」
日本大同元年(西元八○六年)，空海回到日本，次年在京都久米寺讲授《大日经》，三年，嵯峨天皇敕许弘扬真言宗。
空海在中国求法时期，以长安为中心，见到宫中设置镇国道场，祈求国运昌隆，宗教受到朝廷的大力支持，有助于弘扬的方便。因此，回到日本后，首先建设东大寺灌顶坛，成为镇护国家的道场；进一步奏请兴建宫中真言院，以祈求皇体安和，国泰民安。同一时期入唐求法的最澄，受到山林教团的影响，返回日本后，则隐遁于比叡山。日本真言宗就在空海的影响下，受到朝廷百官的欢迎，成为佛教的主流。
弘仁七年(西元八一六年)，敕赐高野山之地，建立密宗道场。弘仁九年，天皇赐空海「传灯大法师」号，次年，高野山建寺落成，题名「金刚峰寺」。据传，空海到中国之前，曾遇一奇人，并被引到一处灵山，他遥向远处投出三钴杵，杵落在一棵松树上，其地点就是现在的高野山。至今，仍然可以看到当时空海亲手种植的松树，遍满高野山，高大苍劲无比。弘仁十四年，又敕建东寺，与高野山同为密宗的根本道场。东寺的建筑、佛像、僧众威仪等，悉倣唐朝青龙寺的风貌。
天长五年(西元八二八年)，空海成立综艺种智院，教授僧俗弟子诸学，确立密宗教学，是日本最早的私立学校。
承和二年，空海示寂于高野山，世寿六十二。逝后将近百年，醍醐天皇諡号「弘法大师」。因其建立高野山为密宗的祖寺，时人多称「高野大师」。
空海一生的佛学着作丰富，教义方面有：《辨显密二教论》、《祕藏宝钥》、《十住心论》、《付法传》、《请来目录》、《御遗告》、《即身成佛义》、《声字义》、《吽字义》、《般若心经秘键》等，另有《大悉昙章》与《篆隶万象名义》。文学方面亦有《文镜秘府论》等多种着作。空海长于书法，墨宝甚多，也曾指导密宗美术，对社会教化之功既深且广，日本人称其为奇僧。
空海所传的东密，后来分出广泽流和野流两大流派，合称为「东密二流」或「野泽二流」；随之又衍生有野泽七十馀流。然一般以三十六流为主。
2.台密始祖－－最澄
最澄(西元七六七－八二二年)，近江(滋贺县)人，俗姓三津道，是日本天台宗的开祖，也是第一个把中国密宗传到日本的人。最澄虽承密宗法脉，而弘法则以天台宗为本，因此日本仰为正统密教的开祖，乃归空海。
最澄十四岁出家，游学于南都(奈良)，后于东大寺受具足戒。因乐于山林生活，受戒后到比叡山，专研佛教各宗经论。之后创建根本中堂－－「比叡山寺」，号「一乘止观院」。
延曆二十三年，最澄为了探研《法华》一乘教义，与空海同时到中国留学。到了中国，从天台宗九祖湛然的弟子道邃、行满受天台教义，从天台山翛然受牛头禅，并从道邃受大乘菩萨戒，后依止顺晓(善无畏的弟子)受密法灌顶。次年，回到日本，于高雄山寺设立灌顶坛场传授密法，这是日本最初的秘密灌顶。
最澄糅合天台与密宗教义，创立日本的天台宗，主张圆密一致，四宗(即圆教、密教、禅、戒)合一，对日本鎌仓时代禅宗的兴起，有深远的影响。弘仁十三年，最澄于比叡山中道院示寂，世寿五十六。清和天皇追赠「传教大师」，时人称「叡山大师」、「根本大师」、「山家大师」，或「澄上人」。着述有二百八十馀部(也有说四百馀部)。现存有一百六十部，但其中部份真伪不详。
依天台宗为本的台密，以比叡山延曆寺、圆城寺为中心道场。主要依据经典有《大日经》七卷、《金刚顶经》三卷、《苏悉地经》三卷、《一字顶轮王经》五卷、《瑜祇经》一卷，并称五部密经。主要流派有：
1.以最澄为代表的根本师流；
2.以圆仁为代表的慈觉大师流；
3.以圆珍为代表的智证大师流。
后人称为台密三流。
四、藏密的传承
西藏的密教，是在西元八、九世纪时，由莲华生从印度直接弘传到西藏，形成最早期的宁玛派。而后又陆续有噶当派、萨迦派、噶举派及格鲁派等几个独立派系的产生，这其中又分出无数的小支派。这些派系一直都有祖师代代相传，流传到今天的主要有宁玛、萨迦、噶举及格鲁(后来噶当派併入此派)等四大主流。
自密教传到西藏，很快地成为当地佛教的骨干，可以说西藏佛教与密教的关係，如水与乳，难以分开。今日只要谈到西藏佛教，就会很自然的联想到密教。事实上，在西藏只有少部份的密教学院是专研密法，一般的佛学院，如西藏三大寺所属的学院(甘丹、色拉、果芒学院)，上万的出家学僧都以至少十年以上的时间学习显教经论，毕业后才随个人志愿专研密法。进入密学院也要经过严格的考试审核，因此，有许多西藏僧侣以研习显教经论为职志，一生都不曾学密法。
西藏密教有自属的传承，所依经论、修习次第、仪轨制度等，都有其特点。因此，传统上把西藏密教称为「藏密」，以区别汉地和东传日本的密宗。
以下介绍西藏密教主要各派系始祖略史：
1.宁玛派始祖－－莲华生
莲华生，梵名Padma-sambhava，原是八世纪左右的北印度乌仗那国(今巴基斯坦)的密教大师，以咒术降魔而闻名。曾于当时印度密教的中心地之一－－孟加拉国(Ban-gladesh)修学，并以瑜伽行派的密教学者身份活跃于那烂陀大学，博通大小乘教法。
据西藏佛教史所传，莲华生入藏前的西藏佛教，常受到苯教和恶魔的逼迫侵扰，为了抵制当地带有巫术色彩的苯教，当时留在西藏的印度高僧寂护(又称静命)，建议藏王赤松德赞，唯有迎请莲华生大士入藏才能降魔。
唐玄宗天宝六年(西元七四七年)，莲华生大士应邀入藏，传闻他在入藏的途中降伏了许多恶魔，并显现使河水倒流等神变事蹟。入藏后，应藏王赤松德赞之请，与寂护共同策画，在雅鲁藏布江边的拉萨东南方，建立桑耶寺，又自印度迎请十二名说一切有部的上座比丘为尊证，引度七名藏人出家，史称「七觉士」，是西藏佛教史上第一座具备僧宝的正规佛寺。桑耶寺共有三层，基层採藏式建筑，第二层为唐朝建筑，第三层是印度式样，所以又称「三样寺」。
桑耶寺建成后，莲华生开始弘传瑜伽祕密法门，传授各种灌顶密法，开闢译经道场，促成密教在西藏的传播。后人把莲华生、赤松德赞和寂护，称为「师君三尊」。
莲华生所传的密教，称为宁玛派(密教古派之意)，以大喜乐禅定的瑜伽观法为最上密法，弘宣佛教。高徒二十五人，如虚空藏、佛智、遍照、王札宁波、智童、柱德积等人，皆为当时有名的译师，从事梵、汉、藏佛典的译述，并协助宣扬密法。
莲华生不但是宁玛派的始祖，同时也是藏密的开祖。今日，西藏的寺院中都供奉有莲华生大士的画像或塑像，被尊为西藏的圣守护者。后世传承宁玛派者，以头戴红帽为特徵，所以又叫「红派」。
2.噶当派始祖－－阿底峡
九世纪中叶，由于藏王朗达玛在位(西元八三八－八四二年)的排佛行为，造成西藏佛教几致溃灭的状态。经过将近二个世纪，佛教才重现曙光，开启了后弘佛教的时期(朗达玛毁佛前，名为「前弘期」)。此时佛教已失去三分之一的传统教义，内容多偏向于密教的咒术，显教反而受到排斥。为了匡正佛教的内涵，阿底峡被迎请入藏。
阿底峡，梵名Atisa(西元九八二－一○五四年)，又作阿提沙，是孟加拉地区一国王卡鲁耶那珠的次子。自幼聪颖过人，十岁前便学会了医方、工巧、文学等五明，十岁那一年离开皇宫，到山林参访修学。再到那烂陀寺就菩提贤论师、明杜鹃菩萨学习，二十一岁即通达内外声明、因明之学，辩论时无人能敌。
二十九岁，阿底峡从戒护律师出家，广学大小乘经论及密教，法名吉祥燃灯智。之后又乘船到金州(今苏门答腊)向法护求法。十二年中，求得《现观庄严论》「一切教授」，和《集菩萨学论》、《入菩萨行论》等「不共教授」。
四十四岁，阿底峡回到印度，驻锡于超岩寺，成为该寺首座论主。当时寺前的右边画着龙树的像，左边画着阿底峡的像，可见人们将阿底峡与龙树相提并论。另外，殿的左右壁，一边画着通达五明者，一边画着得成就者，尊者左右两壁俱画，意表二德双具。又当时印度寺规，有大善巧者才能掌管钥匙，而阿底峡一人就持有了十八支钥匙。
西元一○一○年，阿底峡受西藏阿里地方智光(王族后裔)的邀请，离开超岩寺，途经尼泊尔，一路朝圣礼佛进入西藏。当时，西藏佛教已现衰微，僧俗不分，教理分歧，重密轻显。为了恢复纯正的佛教，阿底峡着书立说，振兴戒律，讲解显、密教次第，从事经典翻译。一时，佛教大盛，阿底峡创立噶当派(噶当是「教授」义)，重新整顿西藏教团，使之面目革新。
噶当派的教义，把经、律、论三藏，融摄在三士道次第中，并极力提倡持戒、禅定与观法兼修。又立「三士教」(类似中土的判教)，主张上、中、下三种不同次第的修习。阿底峡的代表着作，也是成立噶当派的主要论典－《菩提道灯论》，即是因应当时西藏佛教界修行不重次第，重密轻显或重显轻密的溷乱情况而着述。其内容以佛教修习次第为纲领，是当时第一部对整个佛教教义有系统组织的论着，主张先显后密，显密相关。
噶当派的教义，影响及于三百年后，格鲁派始祖宗喀巴改革西藏佛教，其教义思想系统的成立，渊源于此。自格鲁派成立后，噶当派逐渐与其合併为一，不再单独存在了。
3.噶举派始祖－－马尔巴
马尔巴(西元一○一二－一○九七年)，出生于西藏南部的落札县，十五岁开始向卓弥.释迦意希学习梵文，也学习诗歌、戏剧，后来成为出色的藏梵双语大译师。
在卓弥.释迦意希处学习完成后，马尔巴曾先后去过尼泊尔三次、印度四次。据传，马尔巴脾气暴躁，但意志坚强，为了到印度学习密法，不惜把所有家产变卖成黄金，充作学费。到了印度，从那洛巴(藏Na-ro-pa)、弥勒巴、智藏等修学密法。主要的老师是那洛巴。所学密法主要有「喜金刚」、「密集金刚」、「大印」等密法，这些都成为以后噶举派的主要传承。
回到西藏后，马尔巴致力于翻译工作，将他从印度带回的梵文经典，翻译为藏文，成为西藏的译经大师之一。除了翻译事业以外，马尔巴以在家居士身份教授学生，传授灌顶密法，门下有几位杰出的弟子，人称「四柱」，分别是梅、俄、祖尔及密勒日巴。其中以密勒日巴(西元一○三八－一一二二年)最为杰出，是马尔巴的嫡传弟子。
马尔巴于西元一○九七年示寂，世寿八十六。他直接传承了印度那洛巴的密法，另闢噶举派，成为该派的开祖。噶举派注重口传教授：「噶」，是指「佛语」或「师长的言教」；「举」，意为「传承」，合起来为「口传」，也就是师徒以言语亲自传授继承。马尔巴按照印度密教的风习，在修法时都穿着白色僧裙。以后这种白色僧裙，成了噶举派世代相袭的传统，后人据此，称之为「白教」。
噶举派后来又分出许多支派，有所谓的四大支八小支。历史上噶举派的个别支系，曾经直接或间接主导过西藏地方政权。如帕竹噶举和噶玛噶举，对过去西藏的政治有极大的影响力。
4.萨迦派始祖－－贡却杰布
贡却杰布(西元一○三四－一一○二年)，或衮曲爵保，是古代西藏王朝的贵族、昆氏家族的后裔。曾向卓弥.释迦意希学习「道果」法。一说萨迦派始祖为卓弥.释迦意希，他曾经到印度学习戒律、般若、密法等，回藏后，建立牛古龙寺，传授「道果」密法。贡却杰布是他的门徒之一。
西元一○七三年，贡却杰布在后藏仲曲河谷的萨迦地方，修建了萨迦寺。「萨迦」，意为灰白色的土地，是根据当地土质的颜色而取的地名。因以地名作为寺名，后来直接成了教派的名称。又此派寺院牆上绘有象徵文殊、观音与金刚手菩萨的红、白、蓝三色花纹，因此又名「花派」。
萨迦法王的继承是採娶妻生子，父传儿子的家族传承办法，教主由贡却杰布家族世代相承，为血统、法统的共同传承。其中贡噶坚赞(萨迦四祖)，又称文殊萨迦班禅(西元一一八二－一二五一年)，曾应元帝忽必烈召请入朝，被尊为帝师，着有《萨迦格言》，流传至今。其姪儿八思巴(萨迦五祖)，亦被尊为帝师，元朝并委以全藏的统治权(西元一二七○年)，萨迦派更因此而发扬盛行。后来随着元朝政治的衰微，此派亦消势不少，但其教义仍然流传到现在。
萨迦派所弘传的密法，以「喜金刚」法为承传，并以显教的中观、唯识思想为基础，注重「道果」密法的传授，主要分为三个修行次第，即「最初捨非福，中断于我执，后除一切见，知此为智者」。大意是说，要得到人身而能修学佛法，最先要捨掉非福的恶业；得到人身之后，还必须要断除我执，才能脱离轮迴之苦；最后，要断除我执，必须具有「无我空慧」的见解，才能排除一切邪执邪见。若能明瞭上述三种次第的道理，就是智者了。
5.格鲁派始祖－－宗喀巴
宗喀巴(西元一三五七－一四一九年)，本名罗桑札巴，出生在青海省湟中县塔尔寺地方。包括西宁、湟中在内的青海东部湟水流域，在那时期名为「宗喀」。西藏人为了表示对罗桑札巴的尊敬，因此以地为名，称他为「宗喀巴」。又名「杰仁波切」，是宝贝尊者的意思。
宗喀巴三岁时，遇到噶玛派法王－－噶玛巴游戏金刚，授他居士戒。七岁跟随西宁当地的噶当派喇嘛顿珠仁钦出家，学习经论九年，并接受密教的灌顶。十七岁到卫藏地区学习经法，以十年时间学习显教经论。所学主要论典有《现观庄严论》(后来成为格鲁派必修的论典之一)、《大乘庄严经论》、《辨法法性论》及《究竟一乘宝性论》等五部大论(藏传佛教称之为弥勒慈氏论)。这五部论，为他的学说、思想奠定了深厚的基础。此后，宗喀巴开始有系统地学习各派系所传的主要密法，包括「道果法」、「大印法」、「胜乐轮法」等。不久，通达所有显密教法。
西元一三八五年，宗喀巴跟随楚臣仁钦受比丘戒。此后，经常对大众讲经，曾经在同一时期宣讲十七部经论而不发生溷杂错误，其名声从此远播四方。
西元一四○九年，宗喀巴在拉萨创建甘丹寺，后来与哲蚌、色拉二寺合称为格鲁派在西藏的三大寺。建寺这一年正是宗喀巴在拉萨发起一大型祈祷法会，即「传大召」或「传召」法会的一年。这次不分教派，不分地区的西藏佛教大法会，自各地前来参与的僧侣有一万多人，促成宗喀巴在整个西藏佛教界的声望地位更高。因此，后人把西元一四○九年作为格鲁派创建的一年，创始人是宗喀巴，代表寺院为甘丹寺。
「格鲁」，意为善规或善行。因为宗喀巴提倡严守戒律，因此，他创立的教派称为「格鲁派」。宗喀巴时代的宗教与政权都很溷杂，各政派间经常发生斗争，佛教亦戒律废弛，僧侣多娶妻生子，教风败坏。有鑑于此，宗喀巴立志改革佛教，提倡戒律，并以显教为基础，先显后密。
一年岁冬，宗喀巴在讲经时，一反往常，改戴桃形尖顶黄色僧帽(当时僧侣多用藏红色僧帽。西藏史上只有喇钦.贡巴饶赛和喀且班钦.释迦室利戴过黄帽，这两人都是以持戒闻名)，可知宗喀巴有志从戒律开始来改革西藏已现衰微的佛教。由此，格鲁派又称为黄派。
西元一四一九年，宗喀巴圆寂。一生着作甚多，其中《菩提道次第广论》和《密宗道次第广论》，是格鲁派建立理论基础和思想体系所依据的根本论典。
宗喀巴与两大门徒－－贾曹杰和克主杰，被西藏佛教徒尊称为「师徒三尊」。另有重要门徒：绛央却杰、绛钦却杰、根敦主、堆.喜饶桑布、麦.喜饶桑布和喜饶僧格。
克主杰后来被追认为第一世班禅，第十世却吉坚赞于一九八九年在中国大陆青海示寂。十一世灵童己经认证完成。根敦主被追认为第一世达赖喇嘛，今已传到第十四世丹增嘉措，一九五九年出走到印度西北部的达兰沙拉，并建立流亡政府至今。格鲁派的教义也随着藏僧的流亡到海外，而散播到世界各国。
